10 Tipps zum Arbeiten mit Paketen in R
Eines der attraktivsten Merkmale von R ist, dass es eine große Sammlung von Drittanbietern enthält Pakete
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Stochern den verwinkelten CRAN
Das Umfassende R Archive Network (CRAN) ist ein Netzwerk von Web-Servern auf der ganzen Welt, wo Sie die R-Quellcode, R Handbücher und Dokumentationen und steuerte Pakete finden.
CRAN ist kein einziger Website- es sich um eine Sammlung von Web-Servern ist, die jeweils mit einer identischen Kopie aller Informationen über CRAN. Somit wird jeder Web-Server genannt Spiegel. Die Idee ist, dass Sie den Spiegel wählen, die am nächsten befindet, in dem Sie sich befinden, die den Verkehr internationale oder Fern Internet reduziert. Sie können eine Liste von zu finden CRAN Spiegel Hier.
Unabhängig von der R-Schnittstelle Sie verwenden, können Sie dauerhaft Ihre bevorzugten CRAN Spiegel speichern (und andere Einstellungen) in einer speziellen Datei namens .RProfile, im Home-Verzeichnis des Benutzers oder dem R-Startverzeichnis. Um zum Beispiel das Imperial College, UK Spiegel als Standard-CRAN Spiegel zu setzen, sind diese Zeile in Ihrer .RProfile:
Optionen (# 147-repos # 148- = c (CRAN = # 147-http: //cran.ma.imperial.ac.uk/#148-))
Die Suche nach interessanten Pakete
Zu Beginn des Jahres 2015 gab es mehr als 6.000 Pakete auf CRAN. Das bedeutet, dass ein Paket für Ihre Aufgabe in der Hand zu finden, kann schwierig erscheinen.
Zum Glück, eine Handvoll Freiwilliger Experten haben einige der am häufigsten verwendeten Pakete in kuratierte Listen zusammengestellt. Diese Listen werden genannt CRAN Aufgabe Ansichten. Sie können Aufgabenansichten zur empirischen Finanz, statistische Genetik, maschinelles Lernen, statistisches Lernen und viele andere spannende Themen finden.
Jedes Paket hat seine eigene Webseite auf CRAN. Auf der Web-Seite für ein Paket, finden Sie eine Übersicht, Informationen über die Pakete, die einen Link zu dem Paket Website verwendet werden (falls ein solcher Standort vorhanden ist), und andere nützliche Informationen.
Installieren von Paketen
So installieren Sie das ein Paket verwenden install.packages () Funktion. Dieser einfache Befehl lädt das Paket aus einem bestimmten Repository (standardmäßig CRAN) und installiert es auf Ihrem Rechner:
> Install.packages (# 147-Vermögen # 148-)
Beachten Sie, dass das Argument install.packages () ist eine Zeichenkette. Mit anderen Worten, denken Sie daran, die Anführungszeichen um den Paketnamen!
In Rgui, sowie in RStudio Sie einen Menübefehl finden, das Gleiche zu tun:
In Rgui, wählen Sie Pakete-Install-Paket (s).
In RStudio, wählen Sie Pakete Tool-Installation. . . .
Laden Pakete
Um ein Paket zu laden, verwenden Sie die Bibliothek() oder erfordern() Funktion. Diese Funktionen sind identisch in ihren Wirkungen, aber sie unterscheiden sich in den Rückgabewert:
Bibliothek(): Unsichtbar gibt eine Liste von Paketen, die gebunden sind, oder stoppt mit einem Fehler, wenn das Paket nicht auf Ihrem Computer ist.
erfordern(): Kehrt zurück WAHR wenn das Paket erfolgreich angebracht ist und FALSCH wenn nicht.
Die R-Dokumentation schlägt vor, dass Bibliothek() ist die bevorzugte Art der Beladung Pakete in Skripten, während erfordern() ist innerhalb von Funktionen und Pakete bevorzugt.
So installieren, nachdem das Paket Vermögen Sie laden Sie es wie folgt aus:
> Bibliothek (# 147-Vermögen # 148-)
Beachten Sie, dass müssen Sie den Namen des Pakets nicht zitieren in dem Argument der Bibliothek(), aber es ist eine gute Übung, um immer den Paketnamen angeben.
Obwohl es möglich ist ein Paket innerhalb einer R-Sitzung zu entladen, indem die Verwendung von ablösen() Funktion, es in der Regel in der Praxis ist viel einfacher, einfach Ihre R-Sitzung neu starten.
Lesen Sie das Paket manuell und Vignette
Das Paket Handbuch ist eine Sammlung aller Funktionen und andere Paketdokumentation. Sie können das Handbuch auf zwei Arten zugreifen. Der erste Weg ist, die zu verwenden Hilfe Argument für die Bibliothek() Funktion:
> Bibliothek (Hilfe = # 147-Vermögen # 148-)
Der zweite Weg ist das Handbuch auf der Paket-Website zu finden. Wenn Sie mit Ihrem Browser-Fenster auf die CRAN-Seite für das Vermögen Paket, Sie wird ein Hinweis Link zum Handbuch in Richtung der Unterseite der Seite.
Unabhängig davon, welche Vorgehensweise Sie sich entscheiden, ist das Ergebnis ein PDF-Dokument, das Paket Handbuch enthält.
Einige Paket Autoren schreiben auch eine oder mehrere Vignetten, Dokumente, die zeigen, wie das Paket zu verwenden. Eine Vignette typischerweise zeigt einige Beispiele, wie Sie die Funktionen zu nutzen und wie Sie anfangen sollen. Das Wichtigste ist, dass eine Vignette zeigt, wie das Paket mit R-Code zu verwenden und Ausgang, wie dieses Buch.
Zum Lesen der Vignette für die Vermögen Paket, versuchen Sie folgendes:
> Vignette (# 147-Vermögen # 148-)
Aktualisieren von Paketen
Um sicherzustellen, dass Sie die aktuellste Version eines Pakets haben, verwenden Sie update.packages ():
> Update.packages ()
Diese Funktion verbindet sich mit CRAN (Standard) und prüft, ob es Updates für alle Pakete, die Sie auf Ihrem Computer installiert haben. Wenn ja, werden Sie gefragt, ob Sie jedes Paket zu aktualisieren möchten, und lädt dann den Code und die neue Version installiert.
Wenn Sie hinzufügen update.packages (fragen = FALSE), R aktualisiert alle Pakete out-of-date in der aktuellen Bibliothek Lage, ohne Sie zu fragen. Sie können aber auch sagen, update.packages () bei einem Repository andere als CRAN zu suchen, indem die sich ändernde repos Streit. wenn der repos Argument verweist auf eine Datei auf Ihrem Computer (oder Netzwerk), installiert R das Paket aus dieser Datei.
Sowohl Rgui und RStudio haben Menüoptionen, die es Ihnen ermöglichen, die Pakete zu aktualisieren:
In Rgui, wählen Sie Packages-Update-Paket (s).
In RStudio, wählen Sie Extras-Check für Paket-Updates. . . .
Beide Anwendungen ermöglichen Ihnen eine grafische Pakete auswählen zu aktualisieren.
Weiterhin forcierte R-Forge
Obwohl es nicht allgemein wahr, die Pakete auf CRAN neigen einige Mindestreifegrad haben.
Also, wo Pakete leben, die im Entwicklungszyklus sind? Oft leben sie in R-Forge. R-Forge bietet eine Plattform, die Entwickler zu entwickeln und ihre R-Pakete zu testen. Beispielsweise R-Forge Angebote
Ein Build und Kontrollsystem auf Windows und Linux-Betriebssystemen (Mac OSX wird nicht unterstützt)
Versionskontrolle
Bug-Report-Systeme
Sicherung und Verwaltung
Um ein Projekt von R-Forge installieren Sie auch die install.packages () funktionieren, aber Sie müssen angeben, die repos Streit. Um beispielsweise die Entwicklung Version des Pakets zu installieren Datentabelle, versuchen Sie folgendes:
> Install.packages (# 147-data.table # 148-, repos = # 147-http: //R-Forge.R-project.org#148-)
Obwohl R-Forge keinen Build und überprüfen System für Mac OSX Insbesondere können Mac-Anwender installieren und Pakete von R-Forge verwenden, indem Sie das Quellpaket installieren. Mehr Informationen finden Sie in der FAQ für Mac.
Erste Pakete von Github
In den letzten Jahren haben viele Entwickler begonnen zu verwenden github als Code-Entwicklung Website. Obwohl Github eine der R-spezifischen Funktionen von CRAN oder R-Forge bieten nicht, ist manchmal Code leichter zu teilen, indem sie Github verwenden. So können Sie gelegentlich Anweisungen erhalten ein Paket zu installieren direkt von GitHub.
Auf den Linux und Mac OSX-Betriebssysteme, die Pakete von Github Installation ist vergleichsweise einfach. Allerdings unter Windows auch müssen Sie zuerst RTools (eine Reihe von Compiler und andere Tools zu bauen Pakete aus den Quellen) installieren. Nach installieren RTools auf einem Windows-Rechner, sorgfältig die Anweisungen befolgen.
Durchführung von Installationen von BioConductor
BioConductor eine Sammlung von Tools ist eine Sammlung von R-Pakete und Software, die in der Analyse von genomischen und Daten spezialisiert hat.
BioConductor hat seine eigene Regelsätze für Entwickler. Um zum Beispiel ein Paket von BioConductor Sie ein Skript zur Quelle von seinem Server zu installieren:
> Source (# 147-http: //bioconductor.org/biocLite.R#148-)
Dann können Sie mit dem biocLite () Funktion zum Installieren von Paketen aus BioConductor. Wenn Sie nicht ein Argument liefern, installieren Sie einfach die notwendigen Basispakete aus dem BioConductor Projekt.
BioConductor nutzt ausgiebig Objektorientierung Programmierung mit S4-Klassen.
Das Lesen der R Handbuch
Das # 147-R Installation und Administration # 148- Handbuch ist ein umfassender Leitfaden für die Installation und Verwaltung von R. Kapitel 6 dieses Handbuchs, die alle Informationen, die Sie mit Paketen über die Arbeit benötigen enthält.